VertrigoServ と Perl だけでラクショーかと思っていたのですが。。。
やはりSJIS。
ajaxplorerで化けてました。
VertrigoServに統合されているＰＨＰ（Version 5.2.6）
PHP.iniを修正
magic_quotes_gpcが入っていたのでOff
ほかにも若干修正
ajaxplorer-2.4 では「表示」なんかが化けるのですが
ajaxplorer-2.5.4 では改善されました。
ほかに影響が出ていないし、2.5.4へ変更って事でOKとしましょ
とは言っても、解消されたのはファイル名だけでログやオンライン編集は文字化けしたまま。
ここらへんは、修正できたらまた後日
ほか、WordPressやCGIの掲示板などは自前で改造してるんだけど
やっぱOSがWinというだけで頭が痛いです。。。
初心者には理解しがたい壁がたくさんありますわ。
どっかスクールにでも通って、まともに勉強したい☆
2010/02/11 追記
ajaxplorer-2.4 では conf.phpにてリポジトリ（フォルダ）の追加設定が出来ていたけど
ajaxplorer-2.5.4 ではブラウザで設定しないとダメっぽい
デフォルトのフォルダのみconf.phpで変更可能
$REPOSITORIES[1] とか番号変えても出てこないんです。。。
ブラウザでの追加はスンナリ。
後は管理者ユーザーから全ユーザー拒否ってるんで各ユーザーにてチェックすれば◎
2010/03/18 追記
少々問題発生してました。。。
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